有始就有终
而是讲机器文明进化升级的过程。Smith反复在讲，任何事有始就有终，人类文明已经终结了，现在是机器文明，而它正在进行着进化。结尾时创造者问先知到底这种稳定和平能持续多久——指升级后的新系统，电影里是阳光普照一片光明的样子——
机器从一个自动化劳动工具突发出自我本能（这里我叫它本能，而不是意识），到占领世界的速度太快了。以至于机器的进化过程还是在处于本能的自我认识与觉醒阶段就打败了人类。这也是很有趣又可悲的，人类的大脑的确强大，能在还不太了解自已的时候就创造了一个本能觉醒的物种，智能机器，来灭亡自己。人类的碳基躯体（蛋白质中碳元素比重较大，当前地球上生物或者我们可以认识的物种还是碳基生物，当然一些科幻片里也描述过以波形式存在的生命文明）在普通或低级的物理冲击面前都是如此不堪一击，光、热、疾病等都可以用来蹂躏人类。人类与机器的对决，就像是一个具有成人大脑的婴儿在单挑一个具有婴儿大脑的成人。人类想法极多，战术运用之妙，
此时的机器还没有完全掌握文明进化与自我进化的真谛，而这种进化的基石就是人类的那颗完美的大脑，决定性的根源在于那颗大脑是一个量子级别的神经传导容器。于是机器开始进行残忍但是必要的人脑活体实验（见《黑客帝国动画版故事II》），但是可想而知，一个硅基的生命如何可以轻易模拟这神性的“随机”，于是，机器需要人脑一直存在，而且以机器的最大能力搭建一个人脑实验田——Matrix。这个实验田表面是在说需要的是人体的生物电能，其实他需要的是人脑以及神经中枢神经回路的传播特点与对神经活动的模拟，进而以此为基础实现机器文明的可持续进化，如果说Matrix的存在单纯是因为需要能量，以机器对物理世界的改造能力，风力，地热，甚至在黑云上方搭建太阳能电池都可以得到，再不济可以从普通具有低级知觉的动物身上搞到，何必选择人类这么一个会自杀、会殉道、会以身试法、会自相残杀、会因为观念不合或意识形态不合而屠戮千万同种族的物种来发电？另一个侧面说明机器对自身文明进化的需要，对于具有独立意识的机器或者程序人物的存在，机器智能都是容忍的，或者说是极其珍视地保存着他们，机器Boss对于文明萌芽充满了珍视与期待。
当无数智能程序都可以完美融入人类社会而不被人类发觉的时候，机器才真正可以取代人类代表地球文明进行进化。类似梅哥的例子的还有初期的Smith，与其他特工不同的是，他也明显有了自己的认知与判断。他们虽然都是自我觉醒的极端主义的代表，但是代表了一种智能延续的可能。于是，他们都被存活了下来。
器虽然已经占据了地球，但是他们还受限于硬件与软件条件，他们还不具备文明进化的能力，于是他们选择从地球的前主人人类那里学习。从人类的选择里，学习自我文明进化的源泉——一种神性的“随机”驱使下的多样化存在的可能与进化方向，学习基于一种非目的性的关联来创造具备“无用”特质的存在，学习一种对物质存在之外的东西认识与欣赏，学习一种高尚。
人类代表Neo代表全人类交上了史诗般瑰丽又悲壮的答卷，机器之父最终的动容，选择给了人类善终
可以看到Matrix中的视界是绿色的类似于数字信号构成的界面，现实中的视界是黄色的类似于模拟信号的界面。数字信号易于编程，容错能力强，可以支持稳定的高清晰度的影像，如当前的高清直播、蓝光资源都是数字信号，而Matrix中的虚拟人生需要地就是稳定的，抗干扰的数字信号保证。模拟信号的主要特点是技术处理比数字信号处理更简单，可以直接通过模拟电路组件（例如运算放大器等）实现，而数字信号处理往往涉及复杂的算法，甚至需要专门的数字信号处理器。模拟信号在现实世界中传递抗干扰能力弱，但是却很适合于支持“蚁群”这样的群体活动，因为首先是设备成本低，不复杂，虽然信号会干扰，但是并不需要逐人指挥，只需要有一个机器乌贼收到，所有乌贼都会听令。
本应该被删除的无用程序，尤其是给具有独立智能意识的程序一个出路。而介绍这个出路的还是往往是先知。
设计师是一个保守派，试图一点点从人类社会中学习，而且重要一点就要是保证人类不会察觉，要保证场面的稳定，通过看人类社会自由发挥来学习。先知是激进派，她认识到需要制造随机的变动，注意随机性在先知这里有了一定的启蒙，但是她却不能做到自发性的随机，她是机器智能学习人类多样异性的一个重要桥梁，通过一些非理性的引导（如依托人类特有的爱情、梦想、传统或者一些执念），给出人类选择，对于是各种选择之后是什么结果先知都可以知道，但是唯独会做什么样的选择，她还不知道，她代表机器智能要学习的也是这个。而做出选择的多样异性背后其实就是“随机性”这个神性最难理解的地方，这个难度有点像“人性”，而理解“人性”，先知这次选择了通过Neo等人，理解的切入口是借助战争与爱情。于是从人这个独特物种出发，先知代表机器智能进行了一次选择随机性的学习
大概是二十一世纪初期人工智能AI出现，随后出现大战，人类战败沦为电池。我们把时间推算放宽松，AI出现于二十一世纪中叶2050年，然后爆发战争。人类的全球战争能力肯定不能持续几十年，因为大概一个军队的有生力量损失三分之一的时候，军队战斗力就没了
人类的体细胞分裂极限也不能保证一个人活这么久，最多大概就是让人能活120~150年，再久细胞就会发生癌变
电影第一部里说人类是种植出来的，应该就是类似试管婴儿那种，取走女性成熟卵细胞和男性精子放在营养液里培育，然后成长，成熟，衰老，死亡，融化成营养液滋养新培育出来的胚胎……试管婴儿这个技术是上个世纪的技术了，都不能算太科幻了。
因为天空已经被人类毁灭(阻隔太阳)，机器人没有了能量的来源，于是获胜的机器人利用人体建立了Matrix，继续给机器提供能源。
在人类和机器人之间, 一种新的共生关系诞生了——机器从人类的身体上提取能量，这种能量取之不尽, 用之不竭。
动画片中我们看到，机器把人类全部放在基地里“种植”，给人类带来了很大的痛苦。但是没有精神或精神极度痛苦下的肉体是无法生存的，为了让人类能够安心且稳定，于是机器大帝便让设计师设计了Matrix，让所有的人类都睡眠于一个巨大的梦境中。
第一次设计的Matrix是当然是非常完美的，完全不会威胁到机器的系统，又可以获得能源。但是，人类却完全不能接受这种完美的系统，因为人是不完美的，也不能接受一个完美的世界。所以人类就大批大批的死亡，因此设计师按照人类的历史的发展，重新设计了并不完美的Matrix。
后来设计的Matrix并不完美，因此才显得真实。
“真实世界”Zion（锡安，圣经地名，本意避难所）
